В июле 2004 г. произошла реорганизация компании ООО «Стройпроект-М.О.» в связи с чем сменились учредители ООО «Стройпроект-М.О.». Глазков А.Ф. уволился с одновременным выходом на пенсию, а вместо него в состав учредителей вошли Можаев Леонид Вениаминович (03 августа 1954 г.р.) и Помозова Валентина Алексеевна (20 октября 1952 г.р.). Можаев Л.В. имел за плечами опыт работы в Авиационном комплексе имени С. В. Ильюшина в должности заместителя Главного технолога, Помозова В.А. - в Научно-исследовательском институте автоматических устройств (НИИАУ) Министерства авиационной промышленности СССР, г. Москва. Новые учредители компании ООО «Стройпроект-М.О.» – выходцы из Московского Авиационного технологического института, с опытом работы на предприятиях высокотехнологичной области. Они привнесли новые возможности - началось активное внедрение цифровых методов проектирования.
После реорганизации компании Бойко Ирина Анатольевна осталась в должности генерального директора. За долголетний труд в области строительства ей присвоено звание Почетный строитель России. Также биография Ирины Анатольевны включена в сборник «Who is Who» в РОССИИ. На должность заместителя генерального директора был назначен Можаев Леонид Вениаминович, которому также было присвоено звание Заслуженный строитель России.
После выхода на пенсию Бойко И.А., в период с апреля 2009 по август 2023, обязанности генерального директора исполнял Можаев Л.В.
В декабре 2021 г. на должность заместителя генерального директора в компанию принят Засядько Сергей Викторович (31 марта 1977 г.р.), окончивший в 2005 г. Череповецкий военный инженерный институт радиоэлектроники, имеющий многолетний опыт проектирования как объектов гражданского строительства, так и объектов государственных силовых структур и энергетики, прошедший в прошлом путь от должности ведущего специалиста до должности главного инженера. Сергей Викторович с 2017 г. состоит в Национальном объединении изыскателей и проектировщиков (НОПРИЗ).
В августе 2023 г., единогласным решением учредителей, на должность генерального директора назначен Засядько Сергей Викторович.

С сентября 2024 г. Засядько Сергей Викторович является единоличным учредителем компании ООО "Стройпроект-М.О.".